Table of Contents - bio-polyploid-tools-1.2.1 Documentation
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Classes and Modules
- Array
- Bio
- Bio::BFRTools
- Bio::BFRTools::BFRContainer
- Bio::BFRTools::BFRLine
- Bio::BFRTools::BFRRegion
- Bio::BFRTools::BFRToolsException
- Bio::BFRTools::Container
- Bio::Blat
- Bio::Blat::Report
- Bio::Blat::Report::Hit
- Bio::DB
- Bio::DB::Blast
- Bio::DB::Blast::BlasteException
- Bio::DB::Exonerate
- Bio::DB::Exonerate::Alignment
- Bio::DB::Exonerate::ExonerateException
- Bio::DB::Exonerate::Vulgar
- Bio::DB::Primer3
- Bio::DB::Primer3::KASPContainer
- Bio::DB::Primer3::Primer
- Bio::DB::Primer3::Primer3Exception
- Bio::DB::Primer3::Primer3Record
- Bio::DB::Primer3::PrimerPair
- Bio::DB::Primer3::SNP
- Bio::NucleicAcid
- Bio::PolyploidTools
- Bio::PolyploidTools::ArmMap
- Bio::PolyploidTools::ChromosomeArm
- Bio::PolyploidTools::ExonContainer
- Bio::PolyploidTools::Marker
- Bio::PolyploidTools::Mask
- Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
- Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
- Bio::PolyploidTools::SNP
- Bio::PolyploidTools::SNPException
- Bio::PolyploidTools::SNPMutant
- Bio::PolyploidTools::SNPSequence
- Bio::PolyploidTools::SNPSequenceException
- Bio::Sequence
- Hash
- String
Methods
- ::align — Bio::Blat
- ::align — Bio::DB::Blast
- ::align — Bio::DB::Exonerate
- ::find_end — Bio::PolyploidTools::Mask
- ::find_start — Bio::PolyploidTools::Mask
- ::get — Bio::PolyploidTools::Mask
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- ::is_unambiguous — Bio::NucleicAcid
- ::is_valid — Bio::NucleicAcid
- ::new — Bio::BFRTools::BFRRegion
- ::new — Bio::PolyploidTools::ExonContainer
- ::new — Bio::PolyploidTools::Marker
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- ::new — Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
- ::new — Bio::PolyploidTools::SNP
- ::new — Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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- ::parse — Bio::PolyploidTools::Marker
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- ::parse — Bio::PolyploidTools::SNPSequence
- ::parse — Bio::DB::Primer3::SNP
- ::parseVCF — Bio::PolyploidTools::SNP
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- ::parse_file — Bio::DB::Primer3::Primer3Record
- ::prepare_input_file — Bio::DB::Primer3
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- #<=> — Bio::PolyploidTools::Marker
- #<=> — Bio::DB::Primer3::Primer3Record
- #<=> — Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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- #add_snp — Bio::PolyploidTools::ExonContainer
- #add_snp — Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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- #add_snp_file — Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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- #aligned_sequences — Bio::PolyploidTools::SNP
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- #cut_sequence_to_primer_region — Bio::PolyploidTools::SNP
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- #exon_for_chromosome — Bio::PolyploidTools::SNP
- #exon_on_gene_position — Bio::DB::Exonerate::Alignment
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- #first_product — Bio::DB::Primer3::SNP
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- #gene_models — Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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- #get_bfr_lines — Bio::BFRTools::BFRRegion
- #get_region — Bio::BFRTools::BFRContainer
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- #orientation — Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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- #primer_region — Bio::PolyploidTools::SNP
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- #print_fasta_contigs_from_reference — Bio::PolyploidTools::ArmMap
- #print_fasta_markers — Bio::PolyploidTools::ArmMap
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- #query_region — Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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- #reference_sequence — Bio::BFRTools::Container
- #remove_alignments_over_max_hits — Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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- #second_product — Bio::DB::Primer3::SNP
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- #sequences_to_align — Bio::PolyploidTools::SNP
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- #to_s — Bio::PolyploidTools::SNP
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- #to_s — Bio::DB::Primer3::SNP
- #type — Bio::DB::Primer3::Primer3Record
- #upper_case_count — String
- #values — Bio::DB::Primer3::SNP
- #wheat_arm — Bio::Blat::Report::Hit
- #wheat_chr — Bio::Blat::Report::Hit
- #wheat_chr_arm — Bio::Blat::Report::Hit
- #wheat_chr_group — Bio::Blat::Report::Hit
- #wheat_genome — Bio::Blat::Report::Hit