Table of Contents - bio-tm_hmm-0.2.4 Documentation
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Classes and Modules
- Array
- Bio
- Bio::TMHMM
- Bio::TMHMM::TmHmmResult
- Bio::TMHMM::TmHmmWrapper
- Bio::Transmembrane
- Bio::Transmembrane::ConfidencedTransmembraneDomain
- Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomain
- Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomainProtein
- Bio::Transmembrane::SignalPeptide
- Bio::Transmembrane::SignalPeptideTransmembraneDomainProtein
- Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
Methods
- ::create_from_short_line — Bio::TMHMM::TmHmmResult
- ::new — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- ::new — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- ::new — Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomain
- ::parse_orientation_from_last_location — Bio::TMHMM::TmHmmResult
- #<=> — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #<=> — Bio::Transmembrane::ConfidencedTransmembraneDomain
- #== — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #== — Bio::Transmembrane::ConfidencedTransmembraneDomain
- #average_length — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #best_overlap — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #calculate — Bio::TMHMM::TmHmmWrapper
- #each — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #has_domain? — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #intersection — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #length — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #maximum_length — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #minimum_length — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #multiple_transmembrane_domains? — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #overlap — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #overlap_length — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #overlaps — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #pairs — Array
- #push — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #residue_number_contained? — Bio::Transmembrane::TransmembraneProtein
- #sequence — Bio::Transmembrane::TransmembraneDomainDefinition
- #signal? — Bio::Transmembrane::SignalPeptideTransmembraneDomainProtein
- #transmembrane_type — Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomainProtein
- #transmembrane_type_1? — Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomainProtein
- #transmembrane_type_2? — Bio::Transmembrane::OrientedTransmembraneDomainProtein