Table of Contents - bio-velvet-0.6.0 Documentation
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Classes and Modules
- Bio
- Bio::Velvet
- Bio::Velvet::CnyUnifiedSeqNamesFile
- Bio::Velvet::CnyUnifiedSeqNamesFileEntry
- Bio::Velvet::Graph
- Bio::Velvet::Graph::Arc
- Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- Bio::Velvet::Graph::Node
- Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- Bio::Velvet::Graph::NodedRead
- Bio::Velvet::Graph::NodedReadArray
- Bio::Velvet::Logging
- Bio::Velvet::NotImplementedException
- Bio::Velvet::Result
- Bio::Velvet::Runner
- Bio::Velvet::Sequences
- Bio::Velvet::VelvetRunnerException
Methods
- ::apply_grep_hack — Bio::Velvet::Graph
- ::apply_grep_hack — Bio::Velvet::Sequences
- ::extract_entries — Bio::Velvet::CnyUnifiedSeqNamesFile
- ::extract_entries_using_grep_hack — Bio::Velvet::CnyUnifiedSeqNamesFile
- ::log — Bio::Velvet::Graph
- ::log — Bio::Velvet::Sequences
- ::new — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- ::new — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- ::parse_from_file — Bio::Velvet::Graph
- ::parse_from_file — Bio::Velvet::Sequences
- #[] — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- #[]= — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- #begin_node_forward? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #binary_version — Bio::Velvet::Runner
- #connects_beginning_to_beginning? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #connects_beginning_to_end? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #connects_end_to_beginning? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #connects_end_to_end? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #connects_to_beginning? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #connects_to_end? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #contigs_path — Bio::Velvet::Result
- #corresponding_contig_length — Bio::Velvet::Graph::Node
- #coverage — Bio::Velvet::Graph::Node
- #delete — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- #delete — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- #delete_nodes_if — Bio::Velvet::Graph
- #directions_opposing? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #each — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- #each — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- #end_node_forward? — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #get_arcs_by_node — Bio::Velvet::Graph
- #get_arcs_by_node_id — Bio::Velvet::Graph
- #get_arcs_by_node_id — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- #get_read_by_id — Bio::Velvet::Graph::NodedReadArray
- #inspect — Bio::Velvet::Graph::Node
- #last_graph — Bio::Velvet::Result
- #last_graph_path — Bio::Velvet::Result
- #length — Bio::Velvet::Graph::NodeArray
- #length — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- #length_alone — Bio::Velvet::Graph::Node
- #log — Bio::Velvet::Logging
- #neighbours_into_start — Bio::Velvet::Graph
- #neighbours_off_end — Bio::Velvet::Graph
- #parse_additional_noded_reads — Bio::Velvet::Graph
- #push — Bio::Velvet::Graph::ArcArray
- #revcom — Bio::Velvet::Graph::Node
- #reverse_sequence — Bio::Velvet::Graph::Node
- #sequence — Bio::Velvet::Graph::Node
- #sequence? — Bio::Velvet::Graph::Node
- #set_num_cpus — Bio::Velvet::Runner
- #stats_path — Bio::Velvet::Result
- #to_s — Bio::Velvet::Graph::Node
- #to_s — Bio::Velvet::Graph::Arc
- #velvet — Bio::Velvet::Runner
- #velvetg — Bio::Velvet::Runner
- #velveth — Bio::Velvet::Runner